ELEKTROFORESIS DUA DIMENSI (2D)

-

 

ELEKTROFORESIS DUA DIMENSI (2D)

 

A. PENDAHULUAN

Elektroforesis dua dimensi (2D) bertujuan untuk memisahkan, melakukan identifikasi, dan mengukur seluruh protein yang terdapat dalam sampel. Pemisahan pada dimensi pertama (1D) yaitu isoelectric focusing (IEF), protein akan dipisahkan berdasarkan titik isoelektriknya, yaitu pH dimana muatan tiap protein sama dengan nol. Sementara, pemisahan pada dimensi kedua (2D), yaitu SDS-PAGE, protein akan didenaturasi sedemikian rupa sehingga setiap residu asam amino mempunyai muatan tertentu. SDS akan membuat muatan protein menjadi homogen, sehingga pemisahan protein hanya didasarkan pada ukurannya.

 


Gambar 1. Elektroforesis 2D.

 

B. BAHAN DAN ALAT

* Bahan

Sampel protein

Urea

CHAPS

Bio-lytes

Dithiothreitol

Iodoacetamida

Tris-Cl

SDS

Gliserol

Mineral oil

Bufer rehidrasi

Bufer ekuilibrasi I dan II

 

* Alat

Perangkat IEF (BioRad)

IPG (Immobilized pH gradient)  Strip (7 dan 10 cm)

Marker IEF 3-10

 

C. PROSEDUR KERJA

1.      Preparasi sampel

Persiapkan sample protein pada konsentrasi larutan yang cocok ituk mesin IEF. Pilihlah metode yang dapat mempertahankan sifat asli, kelarutan, atau jenis lain yang diinginkan dari protein tersebut

2.      Pemisahan elektroforesis 1D : IEF

Pemisahan protein menurut pI dengan IEF. Pilih strip dengan panjang dan pH yang diinginkan, dan pilih kondisi loading sample yang cocok untuk pemisahan.

3.      Pemisahan elektroforesis 2D : SDS-PAGE

Pemisahan protein dengan menggunakan SDS-PAGE, pilihlah ukuran yang sesuai dengan gel dan komposisi pemisahan

4.      Deteksi gel

Visualisasi gel dengan pewarnaan Coomassie blue dan pelunturan warna gel dengan larutan peluntur.

5.      Analisis 2D (komputasi)

Spot protein pada gel dianalisis dengan menggunakan software khusus

6.      Digesti dan identifikasi

Spot protein target diambil dari gel, lalu didigesti, dan hasil digesti dianalisis dengan Mass Spectrophotometer (MS) atau MALDI-MS untuk identifikasi protein secara menyeluruh.

Pemisahan Elektroforesis 1D dengan IEF

·      Rehidrasi IPG Strip

     IPG Strip yang digunakan berasal dari Bio-Rad Laboratories dengan range pH 3-10. Sampel dengan konsentrasi protein sampai dengan 1 mg dicampurkan dengan buffer rehidrasi (8 M Urea, 2 % CHAPS, dan 0,2% Bio-Lytes) tanpa dithiothreitol (DTT) atau dengan 50 mM DTT hingga volume 150 µL. Selanjutnya campuran tersebut direhidrasi bersamaan dengan IPG Strip selama 16 jam. Metode rehidrasi IPG Strip berdasarkan Bio-Rad Laboratories, Inc. (2009).

·      Isoelectric Focusing (IEF)

     Metode IEF dilakukan berdasarkan Bio-Rad Laboratories, Inc. (2009) dengan pengaturan running sesuai yang diinginkan.

·      Preparasi IPG Strip sebelum elektroforesis 2D

     Gel strip dengan perlakuan plus DTT diinkubasi dalam buffer equilibrasi I (6 M Urea, 0,375 M Tris-HCl, 2% SDS, 20% gliserol, 2% DTT) selama 15 menit dan dilanjutkan dengan inkubasi dalam buffer equilibrasi II (6 M Urea, 0,375 M Tris-HCl, 2% SDS, 20% gliserol, 2,5% iodoacetamida) selama 15 menit.

 

Pemisahan Elektroforesis 2D dengan SDS-PAGE

(cek bab sebelumnya)

 


             

 


 

Gambar 1. Rangkaian prosedur kerja IEF.


Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

CONTOH FORMAT Pernyataan Kesanggupan Pengelolaan Lingkungan Hidup (PKPLH)

-
PEMERINTAH KABUPATEN…………………… DINAS PENANAMAN MODAL DAN PELAYANAN TERPADU SATU PINTU ……………….. KEPUTUSAN KEPALA DINAS LINGKUNGAN HIDUP  KABUPATEN MALUKU BARAT DAYA NOMOR :  TENTANG PERSETUJUAN PERNYATAAN KESANGGUPAN PENGELOLAAN LINGKUNGAN HIDUP UNTUK USAHA DAN/ATAU KEGIATAN GEDUNG SERBAGUNA DI JALAN TIRTODIPURAN NOMOR 44 RT/RW 60/16 KELURAHAN MANTRIJERON KEMANTREN MANTRIJERON KOTA YOGYAKARTA KEPALA DINAS LINGKUNGAN HIDUP …………………. Menimbang : a. bahwa usaha dan/ atau kegiatan Gedung Serbaguna di Jalan Tirtodipuran Nomor 44 RT/RW 60/16, Kelurahan Mantrijeron, Kemantren Mantrijeron, Kota Yogyakarta merupakan kegiatan yang wajib memiliki Formulir Upaya Pengelolaan Lingkingan Hidup – Upaya Pemantauan Lingkungan Hidup (UKL-UPL); b. bahwa UKL-UPL usaha dan/atau Gedung Serbaguna di Jalan TirtodipuranNomor 44 RT/RW 60/16, Kelurahan Matrirejon, Kemantren Mantrirejon, Kota Yogyakarta telah dilaksanakan pemeriksaan secara administrative dan subtansi serta dinyatakan logis (teknolog...
Baca selengkapnya

ADAT ISTIADAT DAN BUDAYA LOKAL DI PULAU KISAR

-
 Pulau Kisar, mulanya bernama Kihar, dengan pantainya yang bernama Kiasar. Belanda, kemudian menamakan pulau tersebut Kisar sesuai nama pantai Kiasar, karena kesulitan pengucapan. Pulau yang berbentuk seperti cincin (melingkar) ini telah dihuni sejak abad ke-15 oleh manusia yang kemudian dikenal sebagai nenek moyang orang Kisar yang menurunkan suku Meher dan suku Oirata atau Woirata di Pulau Kisar. Kedua suku manusia Kisar tersebut kemudian berkembang dan membentuk dua tipe kebudayaan orang Kisar yang sangat dominan, yaitu kebudayaan Meher dan kebudayaan Oirata. Kedua kebudayaan tersebut, sejak dahulu,telah memiliki perbedaan, baik dalam adat istiadat, sejarah, bahasa, maupun pemerintahan adat. Bahkan, sampai saat ini, masaing-masing suku telah mengembangkan versi cerita yang berbeda-beda tentang asal-usul kedatangan leluhur atau nenek moyang mereka di pulau kisar. kedua suku tersebut pernah terlibat dalam peperangan secara total dengan memakan waktu yang lama, yaitu dari tahun 177...
Baca selengkapnya

PERNYATAAN KESANGGUPAN PENGELOLAAN LINGKUNGAN HIDUP (PKPLH) PART 2

-
  PERNYATAAN KESANGGUPAN PENGELOLAAN LINGKUNGAN HIDUP (PKPLH) Kami yang bertanda tangan di bawah ini: Nama Pelaku Usaha : Nomor Induk Berusaha (NIB) : Nama Usaha dan/atau Kegiatan : Jenis Usaha dan/atau Kegiatan : Nama Penanggung Jawab : Jabatan : Alamat : Lokasi kegiatan : No. Telepon : Email : Deskripsi dan lokasi rencana usaha dan/atau kegiatan yang akan dilakukan, baik kegiatan utama maupun kegiatan pendukung sesuai dengan Persetujuan Teknis yang diterbitkan oleh instansi yang membidangi Rencana Usaha dan/atau Kegiatan:     Menyatakan kesanggupan : Untuk memenuhi komitmen Persetujuan Teknis bagi pemenuhan baku mutu lingkungan hidup,  pengelolaan Limbah B3, dan analisis dampak lalu lintas paling sedikit berupa: Standar teknis baku mutu lingkungan hidup, pengelolaan Limbah B3, dan analisis dampak lalu lintas; Standar sumber daya manusia terkait baku mutu lingkungan hidup, pengelolaan Limbah B3, dan analisis dampak lalu lintas; Stan...
Baca selengkapnya

ISOFLAVON PADA KEDELAI DAN KHASIAT FARMAKOLOGI

-
  Tempe   mengandung isoflavon yang merupakan zat antioksidan (Susianto dan Kusharisupeni, 2013). Isoflavon dapat menghentikan reaksi pembentukan radikal bebas sehingga dapat mencegah kanker, tumor, penuaan, dan kematian sel (Angwar, 2006). Isoflavon adalah golongan senyawa isoflavonoid yaitu subkelas senyawa flavonoid yang memiliki 15 atom C dan merupakan golongan senyawa fenol alami terbesar (Suradikusumah, 1989). Distribusi isoflavon terbatas pada tumbuhan kacang-kacangan (leguminosae) (Harbone, 1996). Pada tanaman kacang-kacangan terdapat ratusan isoflavon (Dewick, 1994). Isoflavon tidak terdapat pada mikroorganisme seperti bakteri, algae, jamur, dan lumut (Markham, 1988). Isoflavon pada kedelai terdapat dalam empat bentuk yaitu isoflavon dalam bentuk bebas (aglikon) yang terdiri dari daidzein, genistein, dan glisitein; isoflavon dalam bentuk terikat dengan senyawa gula melalui ikatan glikosida yang terdiri dari daidzin, genistin, dan glistin; isoflavon asetilglikosida ...
Baca selengkapnya

DNA FINGERPRINTING: MENGUNGKAP KEBENARAN KASUS FORENSIK

-
  DNA FINGERPRINTING: MENGUNGKAP KEBENARAN KASUS FORENSIK Seiring dengan perkembangan ilmu biologi molekuler, DNA menjadi topik utama yang sering dibahas dalam pemberitaan di media. DNA merupakan materi genetik yang membawa informasi yang dapat diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Di dalam sel manusia, DNA dapat ditemukan di dalam inti sel dan mitokondria. Di dalam inti sel, DNA membentuk suatu untaian yang disebut kromosom. Setiap sel manusia yang normal memiliki 23 pasang kromosom yang terdiri dari 22 pasang kromosom somatik (autosom) dan 1 pasang kromosom seks (XX atau XY). Perkembangan analisis DNA memiliki beberapa keunggulan, antara lain sensitivitas dan spesifisitas tinggi, pilihan sampel lebih beragam, serta dapat diperbanyak (digandakan). Dewasa ini, pemanfaatan analisis DNA memberikan kontribusi yang besar di berbagai bidang kehidupan, antara lain bidang forensik. Dalam bidang forensik, analisis DNA dapat digunakan untuk mengetahui hubungan biologis antar...
Baca selengkapnya

VITAMIN B12 DAN FUNGSINYA

-
  Vitamin B 12 atau biasa disebut kobalamin merupakan vitamin yang pada umumnya terdapat pada produk-produk hewani dan tidak dijumpai pada makanan nabati. Vitamin B 12 adalah vitamin yang larut dalam air, merupakan salah satu dari delapan jenis vitamin B.  Pembentukan vitamin B 12 dapat berlangsung pada kondisi aerobik dan anerobik. Pseudomonas denitrificans merupakan contoh bakteri yang menghasilkan vitamin B 12 pada kondisi aerob, sedangkan bakteri B. megaterium dan Salmonella thypimurium yang dapat menghasilkan vitamin B 12 pada jalur anaerobik dengan penambahan kobalt pada early stage di pertumbuhannya dan tidak memerlukan molekul oksigen (Raux et al. 1998).  Vitamin B 12 merupakan gabungan dari senyawa-senyawa yang semuanya juga memiliki aktivitas sebagai vitamin. Struktur vitamin B 12 merupakan struktur vitamin yang paling kompleks serta mengandung elemen kobalt yang jarang tersedia secara biokimia. Vitamin B 12 hanya dapat dibiosintesis oleh mikroorganisme, namun u...
Baca selengkapnya

Pemanfaatan Pupuk Organik Cair

-
               Berbagai hasil penelitian mengindikasikan bahwa sebagian besar lahan pertanian intensif menurun produktivitasnya dan telah mengalami degradasi lahan, terutama terkait dengan sangat rendahnya kandungan karbon organik dalam tanah, yaitu 2%. Padahal untuk memperoleh produktivitas optimal dibutuhkan karbon organik sekitar 2,5%. Pupuk organik sangat bermanfaat bagi peningkatan produksi pertanian baik kualitas maupun kuantitas, mengurangi pencemaran lingkungan , dan meningkatkan kualitas lahan secara berkelanjutan. Penggunaan pupuk organik dalam jangka panjang dapat meningkatkan produktivitas lahan dan dapat mencegah degradasi lahan. Sumber bahan untuk pupuk organik sangat beranekaragam, dengan karakteristik fisik dan kandungan kimia yang sangat beragam sehingga pengaruh dari penggunaan pupuk organik terhadap lahan dan tanaman dapat bervariasi. Selain itu, peranannya cukup besar terhadap perbaikan sifat fisika, kimia biologi tanah serta ...
Baca selengkapnya

ENZIM

-
Gambar
  Karbohidrat yaitu senyawa organik terdiri dari unsur karbon, hidrogen, dan oksigen. Terdiri atas unsur C, H, O dengan perbandingan 1 atom C, 2 atom H, 1 atom O. karbohidrat banyak terdapat pada tumbuhan dan binatang yang berperan struktural & metabolik. sedangkan pada tumbuhan untuk sintesis CO2 + H2O yang akan menghasilkan amilum/selulosa, melalui proses fotosintesis, sedangkan binatang tidak dapat menghasilkan karbohidrat sehingga tergantung tumbuhan. Karbohidrat merupakan sumber energi dan cadangan energi, yang melalui proses metabolisme. Banyak sekali makanan yang kita makan sehari hari adalah sumber karbohidrat seperti : nasi/beras, singkong, umbi-umbian, gandum, sagu, jagung, kentang, dan beberapa buah-buahan lainnya, dll. Di dalam tubuh karbohidrat dapat dibentuk dari beberapa asam amino dan sebagian dari gliserol lemak. Sumber karbohidrat nabati dalam glikogen bentuk glikogen, hanya dijumpai pada otot dan hati dan karbohidrat dalam bentuk laktosa hanya dijumpai di dal...
Baca selengkapnya